โครงงานคอมพิวเตอร์เป็นกิจกรรมที่ต้องทำอย่างต่อเนื่องหลายขั้นตอน และแต่ละขั้นตอนจะมีความสำคัญต่อโครงงานนั้นๆ การแบ่งขั้นตอนของการทำโครงงานอาจแตกต่างกัน ทั้งนี้ขึ้นอยู่กับลักษณะของโครงงานและการวางแผนการทำโครงงาน ในที่นี้จะแบ่งการทำโครงงานออกเป็น 6 ขั้นตอนดังนี้  
 
1. การคัดเลือกหัวข้อโครงงานที่สนใจจะทำ

โดยทั่วไปเรื่องที่จะนำมาพัฒนาเป็นโครงงานคอมพิวเตอร์ มักจะได้มาจากปัญหา คำถาม หรือความสนใจในเรื่องต่างๆ จากการสังเกตสิ่งต่างๆ ที่เกี่ยวเนื่องกับระบบคอมพิวเตอร์ หรือสิ่งต่างๆ รอบตัว ผู้เรียนสามารถจะศึกษาการได้มา ของเรื่องที่จะทำโครงงานจากตัวอย่างต่อไปนี้

สุดา ช่วยงานคุณพ่อซึ่งเป็นคุณหมอที่คลีนิครักษาโรคทั่วไป สังเกตเห็นว่าเมื่อคนไข้เก่ามาจะต้องมีการค้นหาประวัติคนไข้ ซึ่งเก็บไว้ในตู้เอกสารซึ่งมีปริมาณมาก ทำให้เสียเวลาค่อนข้างมาก กว่าจะหาพบ และตู้เอกสารยังใช้เนื้อที่ในร้านค่อนข้างมาก อีกด้วย ดังนั้นสุดาจึงเสนอทำโครงงาน "ระบบจัดการข้อมูลของคลีนิครักษาโรคทั่วไป" เพื่อพัฒนาระบบคอมพิวเตอร์ ในการจัดเก็บข้อมูลคนไข้ทั้งหมดไว้ในเครื่องคอมพิวเตอร์ เพื่อเป็นการประหยัดเนื้อที่ที่ใช้ในการจัดเก็บข้อมูล และประหยัดเวลาในการค้นหาข้อมูลคนไข้
   
สมานเป็นผู้เรียนที่ชอบวิชาฟิสิกส์เป็นอย่างมาก มักจะได้รับการขอร้องจากเพื่อนๆ ให้ทบทวนเนื้อหาต่างๆ ให้เพื่อนๆ ฟังอยู่เสมอ ซึ่งเมื่อสมานได้เรียนวิชาการเขียนโปรแกรมแล้ว เกิดความคิดขึ้นว่าถ้าเขาสร้างโปรแกรม ช่วยสอนสำหรับวิชาฟิสิกส์ขึ้นมา ให้เพื่อนๆ ได้ใช้ คงจะเป็นเครื่องมือเป็นอย่างดีในการทำให้เพื่อนๆ เข้าใจเนื้อหาได้ชัดเจนขึ้น ดังนั้นสมานจึงเสนอโครงงานเรื่อง "โปรแกรมช่วยสอนเรื่องการเคลื่อนที่แบบโปรเจ็กไตล์"
   
จิราภรณ์, ทิพนาฎและธิติกร ได้ทำโครงงานเรื่อง “โปรแกรมสร้างแบบทดสอบการเรียนการสอนบนอินเทอร์เน็ต” เกิดจากการที่ปัจจุบันอินเทอร์เน็ตได้เข้ามามีบทบาทในวงการศึกษามากขึ้น ทำให้เกิดการเรียนรู้อันหลากหลาย ซึ่งไม่ได้จำกัดอยู่เพียงห้องเรียน ไม่จำกัดผู้เรียน กระบวนการเรียนรู้ในบางเนื้อหาวิชามีความจำเป็นที่จะต้องมีการทดสอบ กระบวนการวิเคราะห์ผลจึงควรจะต้องมี จึงได้คิดวิชาความรู้บนเครือข่ายอินเทอร์เน็ตขึ้น
 
สังเกตได้ว่าเรื่องหรือปัญหาที่จะนำมาพัฒนาโครงงานคอมพิวเตอร์ได้จากแหล่งต่างๆ กันดังนี้
       ก. การอ่านค้นคว้าจากหนังสือ เอกสาร หนังสือพิมพ์ หรือวารสารต่างๆ
       ข.  การไปเยี่ยมชมสถานที่ต่างๆ
       ค.  การฟังบรรยายทางวิชาการ รายการวิทยุและโทรทัศน์ รวมทั้งการสนทนาอภิปรายแลกเปลี่ยนความคิดเห็น
ระหว่างเพื่อนผู้เรียนหรือกับบุคคลอื่นๆ
        ง.  กิจกรรมการเรียนการสอนในโรงเรียน
        จ.  งานอดิเรกของผู้เรียน
        ฉ.  การเข้าชมงานนิทรรศการหรืองานประกวดโครงงานคอมพิวเตอร์

อย่างไรก็ตาม ในการตัดสินใจเลือกหัวข้อที่จะนำมาพัฒนาโครงงานคอมพิวเตอร์ ควรพิจารณาองค์ประกอบสำคัญๆ ดังนี้
        ก.  ต้องมีความรู้และทักษะพื้นฐานอย่างเพียงพอในหัวข้อเรื่องที่จะศึกษา
        ข.  สามารถจัดหาเครื่องคอมพิวเตอร์และซอฟต์แวร์ที่เกี่ยวข้องได้
        ค.  มีแหล่งความรู้เพียงพอที่จะค้นคว้าหรือขอคำปรึกษา
        ง.  มีเวลาเพียงพอ
        จ.  มีงบประมาณเพียงพอ
        ฉ.  มีความปลอดภัย